واجهت الحملة الصليبية السابعة على مصر نهايتها المأساوية في فارسكور في عام 1250 معلنة عن بدء عصر تاريخي جديد لكل القوى الإقليمية التي كانت متواجدة في تلك الفترة. هزيمة الحملة الصليبية السابعة في مصر أثبتت مرة أخرى مكانة مصر كقلعة وترسانة عسكرية للإسلام في تلك الأيام. الحملة الصليبة السابعة كانت آخر حملة صليبية منظمة على مصر. لم يتمكن الصليبيون من تحقيق حلمهم باحتلال بيت المقدس مرة أخرى، وفقد ملوك أوروبا (باستثناء لويس التاسع) اهتمامهم بإطلاق حملة صليبية جديدة.
ولكن مباشرة بعد رحيل لويس التاسع إلى عكا، اغتيل السلطان الأيوبي توران شاه بفارسكور بأيدي ذات المماليك الذين دحروا الصليبيين في المنصورة وفارسكور [117][118]، ليصبحوا منذ ذلك الحين حكاماً لمصر وبعد قليل حكاماً لمصر والشام.
بعد هزيمة الصليبيين في 1250 توزعت الخريطة السياسية والعسكرية في شرق حوض البحر المتوسط على أربع قوى أساسية: المماليك في مصر، الأيوبيون في الشام، الصليبيون في عكا وساحل الشام، مملكة قليقية الأرمينية (مملكة أرمينية الصغرى)، إمارة أنطاكية الصليبية.
بينما تحول المماليك في مصر والأيوبيون في الشام إلى عدوين لدودين، تحالف صليبيو عكا وأرمن قليقية وصليبيو أنطاكية. من مقر إقامته في عكا حاول لويس مناورة مماليك مصر، مستغلاً الصراع الناشب بينهم وبين بقايا الدولة الأيوبية في الشام. بمجرد وصول لويس إلى عكا وفد إليه مبعوث من الناصر يوسف [119]. ملك دمشق طالباً إقامة تحالف أيوبي-صليبي ضد مماليك مصر. ولكن لويس رفض بسبب خوفه على مصير أسراه المحتجزين في مصر، ولمعرفته أن مصر قوة لا يستهان بها وفي ذاكرته هزيمته في مصر وهزيمة التحالف الصليبي مع أيوبي الشام في سنة 1244م والذي أدى إلى سقوط بيت المقدس بالكامل في أيدي المسلمين [120]. ولكن بعدما أرسل الناصر يوسف رسالة إلى لويس توحي باستعداده لتسليمه القدس في مقابل مساعدته ضد السلطان عز الدين أيبك في مصر اهتم لويس بالأمر وأرسل إلى أيبك موفوده "جون أوف فالنسينس" (John of Valenciennes) يحذره من أنه سيضطر إلى التحالف مع دمشق ضده في حالة عدم الإفراج عن الأسرى الصليبيين المحتجزين في مصر. لم تؤد تلك المشاريع التحالفية إلى شيء ذي أهمية -باستثناء موافقة أيبك على الإفراج عن الأسرى والتنازل عن بقية الفدية المطلوبة من لويس في مقابل منع الناصر محمد من الاقتراب من حدود مصر- [121][122]، ولكنها كانت تنذر بسقوط بني أيوب في الهاوية بعد كل إخفاقاتهم وصراعاتهم الداخلية، وفقدانهم كل مبررات بقائهم في حكم المنطقة العربية الإسلامية، مما أدى في النهاية إلى بزوغ نجم دولة المماليك كقوة عسكرية مخلصة، تذود عن الإسلام وتجاهد الغزاة ولا تهادنهم ولا تتنازل لهم عن أراضي المسلمين ومقدساتهم [123] ، وكذلك كان حال الأيوبيين وقت بزوغ نجمهم في عهد صلاح الدين الأيوبي [124].
في تلك الغضون كانت الجيوش المغولية آخذة في التوغل في الجانب الشرقي من أوروبا والعالم الإسلامي. الصليبيون وحلفهم كانوا يأملون في التحالف مع المغول ضد العالم الإسلامي. في عام 1247 خضعت مملكة قليقية (مملكة أرمينية الصغرى) بإرادتها للمغول و في عام 1254، بعد أربع سنوات من فشل الحملة الصليبية السابعة، قام "هتوم" ملك أرمينية الصغرى بزيارة "قارقروم" عاصمة المغول. في عام 1253 أرسل لويس التاسع من عكا الكاهن الفرنسيسكاني "وليم روبروك" (William of Rubruck) إلى عاصمة المغول للتشاور. وكان وليم روبروك هذا يصحب لويس في مصر أثناء حملته عليها. فقد كان من ضمن أهداف الحملة الصليبية السابعة على مصر بقيادة لويس التاسع إنشاء حلف صليبي-مغولي ضد العالم الإسلامي [125].
في عام 1258 دمر المغول بغداد التي كانت مركزاً هاماً من مراكز العلم والثقافة في العالم الإسلامي وأسقطوا الخلافة العباسية ثم احتلوا سوريا، وقبل أن يتوجهوا إلى مصر ذهب إليهم المماليك وهزموهم عند عين جالوت وأوقفوا زحفهم. وقتل القائد كتبغا الذي اشترك في تدمير بغداد، وقاد جيش المغول في عين جالوت، وكان مسيحياٌ نسطورياً، وقد صحبه في عين جالوت كل من أمير أنطاكية الصليبية، وملك أرمينية الصغرى. وكان الناصر يوسف في آخر إخفاقات الأيوبيين قد حاول التحالف مع المغول ضد مصر، بنصيحة وزيره صديق المغول زين الدين الحافظي، وسيراً على نهج المغيث عمر ملك الكرك الأيوبي [126][127]، ولكنهم قتلوه بعد هزيمتهم [128]. وقام مماليك مصر بتحرير الشام من المغول، وزالت دولة الأيوبيين تماماً. وأصبح المماليك، الذين تشكلت دولتهم في رحم الأخطار، حكاماً لمصر والشام، والقوة المهيمنة على شرق وجنوب البحر المتوسط لعقود طويلة من الزمان [129]. ومع ذلك، على الرغم من هزيمة الصليبيين والمغول، إلا أن الحروب أنهكت المسلمين اقتصادياً وبشريا، وأدى الاجتياح المغولي إلى اضمحلال العالم الإسلامي اضمحلالاً شديداً، ذلك أن المغول قتلوا أعداداً غفيرة من علماء المسلمين ودمروا المكتبات بما فيها من أعمال وإنجازات علمية لا تعوض، فانمحى بذلك جزء كبير من التراث الثقافي والعلمي للمسلمين [130].
