اكبر احتما لوفاته هو انه قد مات صغير بسبب مرض لفترة طويلة كان سبب وفاة توت عنخ أمون مسألة مثيرة للجدل وكانت هناك الكثير من نظريات المؤامرة التي كانت ترجح فكرة انه لم يمت وانما تم قتله في عملية اغتيال. في 8 مارس 2005 ونتيجة لاستخدام التصوير الحاسوبي الشريحي الثلاثي الأبعاد three-dimensional CT scans على مومياء توت عنخ أمون صرح عالم الأثار المصري زاهي حواس انه لاتوجد اية ادلة على ان توت عنخ أمون قد تعرض إلى عملية اغتيال واضاف ان الفتحة الموجودة في جمجمته لا تعود لسبب تلقيه ضربة على الرأس كما كان يعتقد في السابق وانما تم أحداث هذه الفتحة بعد الموت لغرض التحنيط وعلل زاهي حواس الكسر في عظم الفخذ الأيسر الذي طالما تم ربطه بنظرية الأغتيال بانه نتيجة كسر في عظم الفخذ تعرض له توت عنخ أمون قبل موته وربما يكون الألتهاب الناتج من هذا الكسر قد تسبب في وفاته.
اظهرت التحاليل الحديثة أيضا ان ان عظم سقف التجويف الفمي لتوت عنخ أمون لم يكن مكتملا وكان طول قامة توت عنخ أمون 170 سم وكان الطول العرضي لجمجمته أكبر من الطول الطبيعي مما حدى بالبعض باقتراح مرض متلازمة مارفان Marfan's syndrome كسبب للموت المبكر وهذه الحالة وراثية تنقل عن طريق مورثات جسمية مهيمنة.
كان التقرير النهائي لفريق علماء الأثار المصري ان سبب الوفاة هو تسمم الدم نتيجة الكسر في عظم الفخذ الذي تعرض له توت عنخ أمون والتي ادى إلى الگانگرين Gangrene الذي هو عبارة موت الخلايا والأنسجة وتحللها نتيجة افراز إنزيمات من العضلات الميتة بسبب عدم وصول الأكسجين اليها عن طريق الدم.
قبل هذا التقرير كانت هناك محاولات لمعرفة سبب الموت باستعمال أشعة أكس X-rays على مومياء توت عنخ أمون جرت في جامعة ليفربول و جامعة ميشيغان في 1968 و عام 1978 على التوالي وتوصلت الجامعتان إلى اكتشاف بقعة داكنة تحت جمجمة توت عنخ أمون من الخلف والذي تم تفسيره كنزيف في الدماغ مما ادى إلى انتشار فرضية انه قد تلقى ضربة في رأسه ادت إلى نزيف في الدماغ ثم الموت
او مات باراده الله
