أثناء حكم توت عنخ أمون بدأت ثورة من تل العمارنة ضد حركة الفرعون السابق أخناتون الذي نقل العاصمة من طيبة إلي عاصمته الجديدة أخت أتون بالمنيا و حاول توحيد آلهة مصر القديمة المتعددة بما فيها الإله أمون في شكل الإله الواحد آتون . في سنة 1331 ق.م. أي في السنة الثالثة لحكم توت عنخ أمون الذي كان عمره 11 سنة وبتأثير من الوزير خپر خپرو رع آي رفع الحظر المفروض على عبادة الآلهة المتعددة ورجعت العاصمة إلى طيبة.
هناك اعتقاد سائد أن وفاة توت عنخ أمون لم يكن لأسباب مرضية وانما قد يكون من جراء عملية اغتيال قام الوزير خپرخپرو رع آي بتدبيرها وهناك العديد من الأدلة التي يوردها المؤمنون بهذه النظرية منها على سبيل المثال زواج الوزير خپرخپرو رع آي من ارملة توت عنخ أمون حيث عثر على ختم فرعوني يحمل اسم آي و عنخ سون أمون أرملة توت عنخ أمون وأيضا يوجد رسالة بعثتها عنخ سون أمون (أرملة توت عنخ أمون) إلى ملك الحيثيين تطلب منه إرسال أحد ابنائه لغرض الزواج بها بعد موت زوجها وقام ملك الحيثيين بارسال أحد أبناءه كي يتزوج من أرملة توت عنخ أمون ولكنه مات قبل أن يدخل أرض مصر وهناك اعتقاد انه تم اغتياله على الأرجح بتدبير من الوزير خپرخپرو رع آي الذي فيما يبدو كان يخطط للاستيلاء على عرش مصر فقام بقتل الفرعون توت عنخ أمون وقتل عريس ارملته ولكن هذه فرضيات ولايوجد دليل قاطع لإثبات كل هذه النظريات.
ومن الجدير بالذكر ان الأدلة التاريخية تشير إلى وجود وزيرين لتوت عنخ أمون أحدهما آي الذي تم ذكره والأخر كان اسمه حورمحب وهناك ادلة أثرية تؤكد انه بعد وفاة توت عنخ أمون أستلم الوزير آي مقاليد الحكم لفترة قصيرة ليحل محله الوزير الثاني حورمحب الذي تم في عهده إتلاف معظم الأدلة على فترة حكم توت عنخ أمون و الوزير آي وهذا يؤكد لدى البعض نظرية المؤامرة وكون وفاة توت عنخ أمون نتيجة عملية اغتيال وليست لأسباب مرضية وقد حكم الملك توت حوالي عشر سنوات0
